圏点を利用されるのが簡単かと思います。

●圏点を利用して囲み文字 - ディザInDesignブログ
http://indesign.cs5.xyz/blog/2008/10/post-10.html

こちらで紹介されているのは、
親文字を◯にして、圏点を丸の中に入る文字にする、という方法ですね。

「問」のほうを親文字にしたいのであれば、
「問」という字を小さくして（たぶん70％くらい？）、圏点を◯にすることになります。

この場合、当然ですが文字の幅が変わってしまいますので、
「字取り」で「１」を設定します（１文字分という意味）。
ただ、この場合の「１文字分」というのは、
アプリケーションデフォルトの13Qでの１文字ということになり、
他のサイズの場合はバラけたり詰まったりします。

他の文字サイズで利用したい場合は、フレームグリッドを利用するか、
テキストフレームをいったんフレームグリッドに変更して文字サイズを設定し、
また元のテキストフレームに戻す、という作業が必要になります。

●テキストフレームの字取り処理のtips - なんでやねんDTP
http://d.hatena.ne.jp/works014/20100430

たぶんですが、親文字を◯にするほうが楽ちんかなー、という気がいたします。

書き忘れてました。
検索・置換で置き換える場合は、
「文字を小さくして、字取りを１にして、圏点を◯にして大きさや位置を合わせる」
みたいな文字スタイルを作っておいてから、

「問」を検索して、オプションの「置換形式」で
該当する文字スタイルを当てはめると楽……でしょうか。

ありがとうございます。

問の丸囲み文字は普通に文字として入力できるので、その部分はあまり問題でなく
検索・置換の部分が問題でして、

検索側に　問
置換側に　問の丸囲み文字

を入力して置き換えても、結果何も変わらないのです。
unicodeが同じなので同じ文字種同士を
検索・置換していることと解釈されているのかもしれませんが
なにか区別して結果を出す方法がないものかと....

キャプチャを撮りにくいので省略しますが……
丸囲みの「問」を選択した状態で字形パネル上で、カーソルを合わせるとそのCID番号が確認できます。
で、検索/置換の「字形」で画面のように設定すれば、
お望みの結果になるハズです（現状はヒットした状態）。
※例はヒラギノ明朝 Pr6Nですが、念のためご使用の書体で確認した方がいいでしょうね。

ありがとうございます！！　これでした！　置換されました！
重ねて質問なのですが
対象文字を選択して、情報で見てもunicodeしか見えませんが
CIDを調べる方法ってどうやればいいのでしょうか？

先に書きましたように「丸囲みの「問」を選択した状態で字形パネル上で、カーソルを合わせるとそのCID番号が確認」できます。
キャプチャを撮るのが手間（簡単な方法ではフローティングパネルが撮れません）なので、以前ブログに使ったモノへリンクを…を貼っておきますので、ご覧になればおわかりいただけるでしょう。
→ http://f.hatena.ne.jp/works014/20090727184339