念のために、「編集」メニュー→「カラーマネジメント」を確認してみてください。
もし有効にするチェックが入っていたら、一度チェックを外して出力してみてください。
もともとOFFだったのなら、私では理由がわかりません。

いきさん、早速のお返事ありがとうございます。
チェックを外して書き出してみたのですが、やはり10%ほど
落ちてしまいました。
他にこういった話を聞いた事もなく、おそらく当方の
環境の問題かと思われますので、バージョンアップを含め、
対策を考えようと思います。
ありがとうございました。

そもそも薄いのが正解ではないでしょうか？

InDesignを経由すると、Acrobat上でグレースケールがよりリアル（つぶれない）に見えるPDFを作れます。
この場合、見た目だけの違いで最終的に分版結果は同じになります。Acrobat上で%値を見られませんか？

InDesignの「編集」メニュー→「カラーマネジメント」を確認してみてください。
InDesignには、グレースケール画像のプロファイルを設定できません。
だからといって、手抜きではなく、代わりにもっと高度なカラーマネジメント処理をしてるんです。
# CMYKのK100%とグレースケール100%が並んだとき、表示濃度に違いが出るのはおかしいですものね。

InDesign CS は、
・オーバープリントプレビュー
・直接 PDF 書き出し
・PostScript を書き出すとき「色分解（In-RIP）」を選択した場合
のときグレースケールオブジェクトをCMYKのKに置き換えます。
# 2.0 は、ちょっと違ってるようなので略します。

EPSが配置されていても、カラースペースを置き換える手続きにより、RIP (やDistiller) にグレースケールでないものと理解させます。
# [/DeviceGray] → [/Separation /Black /DeviceCMYK {0 0 0 4 -1 roll}]　などなど。

メリットはCMYKのKと同じカラーマネジメント表示が得られることです。
# ＆ グレースケールのオーバープリントで見られるAcrobat5の問題を隠せること。

この仕様、私は好きなんですが、都合悪いですか？

p.s.
グレースケールオブジェクトは、PDF/X運用ではオーバープリントにならないルールなので、
PDF/XをInDesignに配置したら、グレースケールをK版に変換しないよう気をつけないとね。
注）InDesignからPDF/Xが作れないという意味ではないです。

MM岩手さん、ありがとうございます。
PDF上で%値を見てみると、確かに両方とも同じでした。
見た目の違いだったようです。

これまで%値を見るのに、アクロバット上で%値を見られるのを知らず、
PDFをフォトショップで開いて確認しておりました。
それだとInDesign作成→PDF書き出しのファイルは、ベタの部分が90%になってしまい、
上記のように10%ほど濃度が落ちる状態でした。
これはCMYKのものをグレースケールでラスタライズしたために起こったものですよね？

データそのものに不備があるわけではないと分かりました。
ありがとうございました。

ところでこの仕様ですが……
以前のものと見た目が違うと、お客さんが納得してくれませんので、
私にとってはあまり都合良くありませんです……

> 以前のものと見た目が違うと、お客さんが納得してくれませんので、

つまり、お客さんの側でカラーマネジメント表示が有効になっているようなので、あらかじめPDFの側にK100が真っ黒に見えるカラープロファイルを埋め込んであげればお望みの結果を提供できそうですね。

K100が真っ黒に見えるカラープロファイルを試しに作ったので以下に置いておきます。

http://dtpwiki.jp/?cmyk2gray

1.　InDesignのカラーマネジメントCMYK作業領域カラーにcmyk2grayを指定（もしくはプロファイルを割り当て）。
2.　PDF書き出し。このときPDF/X-1a準拠を外し、プロファイルを埋め込む。

試してみてください。

ただ、もしPDF/X-1a納品が前提であれば、より正しい画面表示であることを説明されたほうが良いと思いますが。

いや、何とお礼を申し上げてよいやら……
早速使用させていただきました。
今回の事で色々と勉強になりました。
あとはお客さんに上手く説明するだけです。
本当にありがとうございました。