pxさん，こんにちは．

状況が曖昧すぎてお答えできません．
正規表現スタイルや検索置換などでの対応を想定していらっしゃるのでしょうが，正規表現での検索は，その検索方法（どんな正規表現で検索するか）よりも，対象とする文字列がどんなものか（どんな文章を検索するのか）の見極めのほうがすごく重要です．
それによって例外を考える余地，含める正規表現，省く正規表現を決めるからです．

pxさんの文章から察すると，
・文末のアルファベット3文字を下付きにする
という理解でいいのでしょうか．
であれば，
[\u]{3}$
が大文字の文末3文字，という正規表現です．
もしA〜Zまでの26文字だけでよければ
[A-Z]{3}$
でも可です．
小文字を含める場合は
[\u\l]{3}$
とし，やっぱりA〜Zの26文字の大文字・小文字だけでいい場合は
[A-Za-z]{3}$
でいいと思います．

横からすいません
文末ではなく「本文中」とあること，
3文字きりの文字列全体も下付き処理するとは考えにくいことから，

(?<=[A-Za-z])[A-Za-z]{3}(?=[^A-Za-z])

もしくは

(?<=[A-Za-z])[A-Za-z]{3}\b

あたりが適当かな，と思いますでございます．

Uske_Sさま、（z-）さま

早速のお返事ありがとうございます。
私の返事が遅くなってしまい申し訳ございません。
また言葉足らずでしたことお詫びします。

本文中にけっこうな数が出てくるので、正規表現スタイルを考えておりました。

下付にしたい文字は（今のところ）3文字もしくは4文字の英数字です。
下付にしたい文字の前には（今のところ）1文字もしくは3文字の英字です。

（z-）さまの仕様で試してみたいと思います。