PDF書き出しの設定は何を使ってますか？
特に画像の圧縮の設定が気におる。

. 様

X-1a:2001のデフォルト設定で書き出しています。
◎カラー画像
・ダウンサンプル（バイキュービック法）
・圧縮：自動（JPEG）　画質：最高
◎グレー画像：上記と同じ
◎モノクロ画像
・ダウンサンプル（バイキュービック法）
・圧縮：CCITTグループ4
となっております。

テキストおよびラインアートの圧縮、画像データをフレームにクロップ　両方にチェックが入っています。

. 様

「InDesign、画像圧縮、PDF」で検索すると同じ状況の方のブログがありました。そちらを参考に
◎カラー画像
・ダウンサンプルしない
・圧縮：ZIP
◎グレー画像：上記と同じ
◎モノクロ画像
・ダウンサンプルしない
・圧縮：CCITTグループ4

これでキッチリ2版のPDFを書き出すことが出来ました。
大変助かりました！ありがとうございます。