オブジェクトスタイルの「基本テキストフレーム」の設定が、ドキュメント間で違っていませんか？
同様に、段落スタイルの「基本段落」の設定もご確認ください。

段落スタイル、文字スタイルはスタイルとのリンクを切断してなしの状態にしたのですが、
やはり変わってしまいました。アイテムを一つだけもってくるときと、まとめてもってくるときで
上/右になったり中央になったりと変わるのが不思議なんですが。
しかし、基本テキストフレームを適用しなおしてから「中央」にして持ってきたところ同じ状態になりました。
Quarkからコンバートしたデータだったのですが、そういうことが起こると思っておいた方がいいのかな
と思いました。

はじめまして。
先日、わたしどもの職場でも話題になったことが書かれていたので投稿します。

環境：Mac OS X 10.4　
　　　InDesign CS3（QuarkXpressからコンバートしたもの）

モスさんと同じような現象が起こりました。スタイルに関しても問題はありませんでした。
結局、スニペットを使う、という方法でしのぎました。