私が試した方法は、まず2台のマシンの片方のみを4.0.4にアップデートしました。
私の所にあった、必ずオーバーライドされてペーストされる複数のファイルを
この2台のマシンで試してみたところ、4.0.3の環境では問題があったファイルも
4.0.4では問題が再現されませんでした。
また、4.0.4のReadMeにも以下のように記述されていたので直ったと判断したのですが、

「基本段落」スタイル定義が異なるテキストをコピー＆ペーストすると、ペーストされたテキストに正しくない属性が適用されます。例えば、フォントの代替が発生しました。[1311051]* 注意： この問題は、同一ドキュメント内でのコピー＆ペーストについてのみ修正されました。

とりあえず今のところ問題ありませんが、もう少し様子をみてみます。

ご返答ありがとうございます。
4.04にアップデータした後、新規ドキュメントを作成、その後レイアウトグリッドで作成したあと、

↓

テキストを、例えば「あああああ」と打ち、その「あああああ」を選択後コピー

↓

その選択されたところにそのままペースト（Ctrl+Vでペースト）したらやっぱり「+」のマークが付くのですが…。

やり方が違うのでしょうか？

また、基本段落スタイル定義が異なるテキストとはいったいどのようなテキストでしょうか？

すみませんがよろしくお願いします

これはフレームグリッドでペーストした場合の話で、
新規で作成した段落スタイルではなく、［基本段落］が適用されたテキストの話ですよね？
#レイアウトグリッドとフレームグリッドでは意味が異なりますので

でしたら、「基本段落」の設定と、そのフレームグリッドのフレームグリッド設定の内容が異なるからだと思うのですが。

> 基本段落スタイル定義が異なるテキストとはいったいどのようなテキストでしょうか？

これは私も意味がよく分からない表現なんですが、多分以下のようなことだと思います。
［基本段落］は内部的には、ワークスペース、ドキュメント、クリップボードの
3つがあるそうです。これらは本来、初期設定の文字属性と同じはずですが、
異なる場合には特別処理する必要があるそうです。この処理に不具合があり、
それを修正したという意味だと思います。

>YUJI さん
できました。要するに「基本段落」は使用しない方がいいのかもしれませんね。。

ありがとうございました。