PDF書きだし時の、ファイル名について。

>まれに違うファイル名で書き出される場合があります。
保存ダイアログで別のファイルをクリックしたとかで保存ファイル名が変わってしまうことはあります。それ以外のケースで違うファイル名になってしまう原因は思いつきません。

ひとつの対策としては、明示的にドキュメントのファイル名の拡張子を inddからpdf に書き換えてPDF書き出すスクリプトを作ってみてはいかがでしょうか？ついでに書き出しプリセットも指定するようにするとよいと思います。
スクリプトについては、InDesign CS2のスクリプティングガイドのp129あたりが参考になると思います。

お世話になります。返答が遅くなりすいませんでした。
よくあるパターンが、１つの基本パターンを流用して、作っていったら、書き出し時全て同じファイル名になってしまいます。再現性はありません。
スクリプトの件、参考にさせていただきます。
また何かありましたら、よろしくお願いします。