[9903]InDesign CSのEPS書き出しの不具合

お世話になっております！
Mac OS 10.3.9 / InDesign CS_3.0.1_(838) / font OpenType
マスター上に本文頁_Aとコラム頁_Bと作成しました。
コラム頁_Bは断ち落としの色アミが全面、奇数・偶数頁とも同じレイアウトにしてあります。
ドキュメント上でAとB・BとAが隣り合わせにきたときにA(本文)をEPS書き出しするとなぜかBマスターで地に配置した色アミまで持ってきてしまいます。
プリント校正ではわからず。面付けした色校で初めてわかりました。
弊社ではEPS書き出しして面付けをしているため重要な問題になっています。
ちなみに、マスターBで地の色アミをノドから1mmほど移動するとこの問題は起こりません。
これがInDesignのバグだとすると他にもいろいろ支障が出てくると思います。たとえば見開きで入る見出し飾りとか罫線とか～
この問題を回避する方法を知っている方がおりましたら教えていただけないでしょうか？
是非、よろしくお願いします。