CS3は標準で正規表現検索ができますが、マッチした文字列に個別にスタイルを与えるのは手作業になってしまいます。
そこで、正規表現検索スタイル適用で。
http://dtpwiki.jp/?InDesignCS/CS2用ですが、CS3でも多分使えます…。
明日、会社で動作チェックしてみますけど。
郵便番号の先頭には〒マークがついていますか?
もしそうなら
(〒\d\d\d)(-)(\d\d\d\d)
を検索パターンに入力し、
$2に、ベースラインをシフトさせた文字スタイルをセットすれば一括変換できます。