» 001
できません。
Adobeに要望を出してみては？

» 002
やはりCS2では無理なようですね。
Adobeに要望を出すまでもなく、CS3で試したところカスタマイズは出来ないようですが後置省略記号に修正されていました。

また、不思議な事にCS2とCS3が2つある場合、CS2の文字クラスがCS3と同じになり修正されました。
と言う事は、もともとCS2でインストールされていたものがCS3によって上書きされたということかもしれません。
Adobeでは共存は推奨していないようですが、同じCS2とは言え、CS2単独のものと、共存した状態のCS2とでは組みが違う事を意味しています。
「予期せぬミス」の原因になりかねない事が分かりました。

» 003
最初、これらの設定「km」が何処に属しているか？と言うのはローカル側の設定に基づいていると思っっていたのですが、実は違っていたようです。新規に作成した場合はデフォルトのInDesignが保有している設定が適用されますが、保存した段階でファイルにその設定が記録されるみたいです。
従って、今度そのファイルを開いた時は、そのファイルに記録されている設定を利用して、元から持っているデフォルトの設定は使われないようです。
ですからデフォルトでは「km」の属している場所は修正されていますが古いファイルは、古い設定のまま開くようです。
「予期せぬミス」は起こらないようです。

» 004
> また、不思議な事にCS2とCS3が2つある場合、CS2の文字クラスがCS3と同じになり修正されました。

まったく気付いていませんでした。
さきほど、会社のCS2をインストールしたマシンとCS2/CS3両方をインストールしたマシンにて実験し、確認いたしました。
貴重な情報、ありがとうございました。

» 005
正攻法か分かりませんが、使い回している古いドキュメントなどに、新しい文字クラスを適用する方法です。
１　修正済の新規ドキュメントを作る。（大きさ、組み方向など一致したもの。マスターなどは古いドキュメントと一致しないように名前など変更しておく）
２　古いドキュメントのページパレットから全ページを選択。
３　そのまま新しいドキュメント上にドラッグする。

以上です。

最初の新規のページは削除しても構いません。

今回は、修正済の共存CS2で試してみました。まだ不具合などあるのか検証していませんが私のところでは、新しい文字クラスに置き換わっていました。

» 006
補足です。
２、３の時には当然両方同時に開いての作業です。