» 001
先ず「ヘルプ」をご覧になりましたか？
そこに詳しく記載されています。

重複しますが簡単に言いますと、

プリフライト
他で作成したInDesignファイルをプリントするためのシステム環境が出力しようとしているマシンに整っているか調べる。（フォントの互換やカラーなど、システム互換を調べる）

パッケージ
自身で作成したInDesignファイルを他へ渡す際、出力に必要なファイルをかき集めてパッケージ化して一纏めにする。（リンクのリンク等は完全にパッケージ出来ない場合があります。）

以上です。

» 002
InDesignで、文書を完成させた後、プリフライト-パッケージを実行します。
新たなフォルダが作成され、中にインデザインのファイル、Linksフォルダ（リンクする画像、図などを集めたフォルダ）、Fontsフォルダ（英文フォントのみ）の、3つが収納されます。
他の文書と共通で使用しているリンクファイルは、このときに、この文書のLinksフォルダ内に集められますので、以後修正のときには、このフォルダ内のリンクファイルを修正することになります。
このパッケージ作業を行わないと、リンク元のファイルを移動させたときに、リンク切れになってしまいます。
その後の作業ですが、私の場合には、InDesignから、書き出しで、PDF-X-1aファイルを書き出します。
書き出したPDFファイルを、アクロバット-Proで、出力プレビューで分版プレビューを行って、RGBファイルが混じっていないか確認し、最後に、印刷工程、プリフライトでファイルに問題がないか確認してから、製版工程に引き渡します。