» もしかしたらご存じかもしれませんが、

tmp (テンポラリファイル)

　アプリケーションが一時的に利用するファイル。「一時的な」という意味の「temporary」から由来する。
大型のアプリケーションは、メモリ消費量を減らすためにこれを利用たり、アーカイバでは一時的に解凍したものを保存している。
大概、そのアプリケーションの終了時に削除されるが、アプリがフリーズしたときなど、ファイルが残ってしまうときもある。
保存されているフォルダは [ windows\temp ] というフォルダで、もし残っている時は、別に削除してもかまわない。

というものです。不要ファイルの掃除の時には一番に捨てなさいと書かれているファイルですので、出来たEPSファイルが正常なものなら捨てていっていいのではないでしょうか。ただいちいち出来るのがうっとうしいというのであればイラレを再インストールしてもいいかもしれません。
ちなみに私の数少ないイラレの作業の中では経験したことがありません。
不十分なコメントで申し訳ありません。

» 仮想記憶ディスクのAITEMPフォルダだったでしょうか。
通常はアプリの終了時に削除されますが、フリーズとか他のアプリや
ユーザーからアクセスされている場合に残るのだったと思います。
仮想記憶ディスクに割り当てたドライブを丸ごとLANで共有したり、
ファイルを監視するような常駐ソフトを使っていると残ってしまう
のかもしれません。
私もイラレを強制終了したとき以外は経験が無いので憶測ですが。