DTPをやるのにMacでなければならない理由はないと思います。
というよりもOS云々よりも、自社の仕事内容、環境に合わせて設備を整えるなかで、将来の
技術進化にも対応でき、投資対効果の大きい選択をすることを心がけることの方が大事です。
（もちろん鯨さんもそうお考えでしょうが）
OSの選択はそのうちの一項目に過ぎず、（少なくとも最近では）重要ではないと思います。
むしろどのOSにも対応できるようにすることが求められているのでは。

> 業務内容は
> ＜WINオフィス系＞データ入稿対応・PDF→CTP出力・新規作成・メンテ
> ＜WINアドビ系＞データ入稿対応・PDF→CTP出力・メンテ
> ＜MACクォーク・アドビ系＞データ入稿対応・PS→CTP出力・新規作成・メンテ
> ＜組版専用機系＞PS→CTP出力・新規作成・メンテ

Winオフィス系のデータ入稿に対応するならWinは外せないし、クォークの入稿があるなら
古い環境も残す必要もあるでしょうし、新しく出るAdobeCSシリーズやOpenTypeフォントの
真価を発揮させるならMacOSXへの移行も進めなくてはならないでしょう。
結局のところ近い将来を見据えて3者のバランスをとりながら新しい内部体制を計画し、
それに向かって準備、実行していくという、平凡な考えしか私には浮かびません(^^;)
（けれど企業というのは結局どこでもこれに似たことの繰り返しだとも思います）
ただ、最終出力まで自社内で完結している分、難点は少ないかと思えます。

Win、MacOSX、どちらの移行も大変ですがいずれは移行せざるをえなくなるはずです。
私の個人的な考えなら、この際WinDTPの推進をオススメします(笑)

> OS9xxからOSXxxとOS9xxからWINXP
> どちらも簡単なわけではないですよね？

NewCIDフォントでの環境ならば、MacOS 9からMacOS Xへの移行はそんなに
難しくはないです。それこそInDesignやIllustratorの最新版の出力環境が
整っているならファイルレベルではMacOS 9もMac OS Xも同じですから。

> 印刷会社の製作部40人程
> マシンの保有数が概算50台ほど（うち15台ほどマック）
> 業務内容は
> ＜WINオフィス系＞データ入稿対応・PDF→CTP出力・新規作成・メンテ
> ＜WINアドビ系＞データ入稿対応・PDF→CTP出力・メンテ
> ＜MACクォーク・アドビ系＞データ入稿対応・PS→CTP出力・新規作成・メンテ
> ＜組版専用機系＞PS→CTP出力・新規作成・メンテ

業務の細かな部分がわからないので何とも言えませんが、上記の業務の回転率を
算出して有効な機種やシステムを選んでみてはいかがでしょうか？
その後、社内で実際に使っている人の意見を取り入れれば良いのではないでしょうか？
漠然としたままで導入した場合、MacでもWinでもうまく稼働しないと思いますよ。
まずは「何を」するためには「何が」必要かと言う事を考えて、それを実現するた
めの方法やコストを算出して見るのも良いでしょう。

m_ogawaさん、熊蔵さん、
ご意見ありがとうございました
参考にさせていただき、再考してみます

PS
m_ogawaさんWindowsDTP板楽しませていただいております