あなたとデザイン会社の関係は、あなたが発注者？　それとも受注者？
それであなたはそのデータを使って何をやりたいのですか？
なんかとってもアブナイって感じなんですが。

＞（１）なぜ、あえてファイルを2つに分けているのか、知りたいです。
QXかInDesignのデータもありませんでしたか？
QXかInDesign上で合成している可能性があります。

＞QXかInDesignのデータもありませんでしたか？
QXかInDesign上で合成している可能性があります。

いやそれはないでしょう。ものがポスターですから。
むしろIllustratorに画像が添付してあるだけだったなんて、落ちじゃないんでしょ？　だからアブナっかしいと言ったのですが。

言葉足らずですみません。
私は受注者側で、正確には、受注者の補助的作業をする者です。
「データが届いたけど、どうすればいいかね？」と担当者に聞かれている状況でして・・・。

やりたいのは2つのファイルを重ねて印刷を保存をし、印刷をしたいのです。
またなぜファイルを2つにわけてあるのか、グラッフィクを扱う場合にはそれが常識なのか、理由があるのか、知りたいです。

＞QXかInDesignのデータもありませんでしたか？
データはEPSとai形式の2種類だけでした。

そのEPSって「何で作ったEPS」なんですか？
ラスター系のEPSなら、Illustratorに配置するしかないでしょうし。

いや、すでに配置されているのかも。
PICTプレビューがWindowsでは「見えない」っていうオチか？

そのepsがai上で既にリンク配置されているわけじゃないですよね。

データを分けている意図などについては、
やはりデータを作られた方にしかわからないので、
結局聞いて確認するしか術はないと思います。
sesilさんのところで修正などを行うことが前提だとしても
作業手順が指示されなければ現状以上の進行はできないのでは。

危なすぎますね〜　事故にならないうちに、ちゃんと分かる人に渡した方が良いですよ。

＞やりたいのは2つのファイルを重ねて印刷を保存をし、印刷をしたいのです。
またなぜファイルを2つにわけてあるのか、グラッフィクを扱う場合にはそれが常識なのか、理由があるのか、知りたいです。

受注したのなら、当然DTP作業は御社の正規業務なんでしょ？　右も左も分からないあなたより、DTP作業担当者へすなおに先方の意向を伝えて、そのまま渡せばいいのでは？　発注主がデザイン会社というのですから、データとしては完成しているはずですよね。そして普通なら出力見本も付いているはずだし。

イラストレーターがai、写真がepsだと思います。
ですから、イラストレーターの書類の方へ写真を配置すれば印刷できます。たぶん最初から配置してあると思います。
写真を添付してないとイラストレーターが開かない場合があるので一緒に入れてあるのだと思います。配置してないとするとネットで送る時にマックとウインドウズの違いで写真の名前が変更になったのかもしれませんね。基本的なことですのでもう少し勉強してください。

デザイン会社よりポスターのデータを受け取りました。
背景となるデータがEPS形式、文字部分がai形式と、2つのファイルに分けられています。
当方、お恥ずかしいのですが、グラッフィクソフトの操作経験はほとんどありません。

そこで質問があります。回答一例

（１）なぜ、あえてファイルを2つに分けているのか、知りたいです。
　→デザイン会社には直接質問できる体制ではなく、困っています。
答え／aiにepsを配置して印刷するため。

（２）2つのファイルをイラストレータを使って結合し（重ね）たいです。
　どのようにすればよいでしょうか？
　→単純にEPS形式を全選択しコピー、ai形式のファイルに貼り付けましたが、
　EPS形式が前面にきてしまい、「最背面」などに変えてもダメでした。
　また、EPS形式の背景色がグレーなのですが、これも背景にしたときは
　透明になるでしょうか？
答え／コピーして貼り付けで無く、イラストレーターには画像の配置機能があります。
　　　それを選ぶと作成の段階で配置してあれば、指定の場所に指定の倍率で画像配置されます。
　　　これを画像のリンクと呼びます。なされない場合、デザイン会社に画像を埋め込んでaiを
　　　送ってくださるよう依頼するべきだと思います。