>イラレで作成した画像をPhotoshopで編集しようと、データを開くと色がかなり薄い状態になっています。

おそらくカラーマネジメントの問題なのでしょうが、管理人は門外漢です。印刷業界などからのコメントを待ちましょう。

>原稿用紙のような紙が画面一杯に表示され、その紙の中央に200*40の製作したやつが小さく表示されます。

「画面→グリッドを表示」になっていませんか？
（グリッドが表示されている場合、メニュー項目は「グリッドを隠す」になっていますが）

>透明に設定していた部分にも白色の色が設定されてしまってます。

http://Illustrator-ok.com/bbs_log/faq/contennts/faq_convert_1.htm#c5
こちらの問題かな。

どうもレスありがとうございます。
>>原稿用紙のような紙が画面一杯に表示され、その紙の中央に200*40の製作したやつが小さく表示されます。

>「画面→グリッドを表示」になっていませんか？
（グリッドが表示されている場合、メニュー項目は「グリッドを隠す」になっていますが）

グリッド表示になっていません。隠されてます。
Photoshopで設定した紙の大きさが200*40で、加工して保存します。そのデータをイラレで開きます。表示される大きさが200*40ではなく。（例えば）A4の紙の上に書いた200*40が表示されます。・・・
いったいなぜ？・・・みなさんはこうなってないのですか？

横レス失礼いたします。
日ごろ仕事でイラレ・フォトショを使っております。

＞Photoshopで設定した紙の大きさが200*40で、加工して保存します。
＞そのデータをイラレで開きます。表示される大きさが200*40ではなく。
＞（例えば）A4の紙の上に書いた200*40が表示されます。・・・
これはイラストレーターの特性ではないでしょうか？
私が同じ事をしても同じ状態で開かれます。が、フォトショップで作成したサイズのとおりにトンボがついてたりしませんか？
イラストレーター上ではあくまでもデフォルトのアートボード上にフォトショップのデータが開かれる（または配置される）と思うので、デフォルトがＡ４サイズであれば、Ａ４サイズの真中に200*40が表示されると思います。
逆にイラレで作ったものをフォトショップで保存し開くと、200*40のものはそのサイズの通りに開かれると思います。
というわけで多分、イラストレーターの特性で、データ自体には問題ないと思うのですが…。
失礼いたしました。

>200*40
と有るのは、単位はなんでしょう。ピクセル、又はインチ、センチでしょうか。

Photoshop、Illustrator間で、表示したりプリントされる画像の大きさは、どうも一筋縄では行かないようです。単位をどう取るか、ピクセルにするかそれ以外にするかで、状況は変わってきます。
yさんの疑問に直接答えるものにはなりませんが、少し考えて見ましょう。

Photoshopで、新規書類を開く場合、「ファイル→新規」で開かれる「新規」ダイアログで、単位をpixcelsにした場合、「解像度」をいくつに設定しても、モニタに表示される新規画面の大きさは変わりません。
「解像度」と言うのは、通常、１インチに幾つピクセルを並べるか、と言うことですから、解像度が高いほど、本来はピクセルのサイズは小さくなり、従って同じピクセル数からなる画像は、小さく表示される「筈」です。
しかし、モニタの解像度は72ppiで固定されているので、画面上では設定解像度に関係なく同じ大きさで表示されるのです。
これを、プリントアウトすれば、モニタでの表示サイズが同じでも、設定解像度が高いほど（本来のデータ通り）小さく印刷されます（ピクセルが小さい為）。
プリントアウトに限らず、データをIllustratorに持って行った場合も状況は同じです。

これとは逆に単位を、インチやセンチにした場合、解像度を高く設定する程画面上の表示は大きくなります（解像度が高い程、ピクセル数が多くなるから）。
しかしプリントアウトの結果は、画像の大きさは同じで、解像度によるキメ細かさが変わってきます。
これはIllustratorに持って行った場合でも同じ関係です。
つまりPhotoshopでの単位をどう取るかによって、事情が変わって来る訳です。

又、単位をインチやセンチに設定したとしても、画面上で正確にそのサイズで表示されるかと言えば、モニタの表示解像度の設定（例えば、800*600、1600*1200　等など）によって大きく変わります。
しかしプリントアウトの結果は、殆ど設定どおりのサイズになります。

これは私見ですが、
若しIllustratorでの編集を前提としてのデータ作成なら、単位をインチかセンチにし、必要な解像度（Webなら72ppi、印刷なら300ppi位から）を設定すれば良いでしょう。
厳密なサイズ設定が必要な場合、DTP関連のボードで聞いて下さい。

＞いったいなぜ？・・・みなさんはこうなってないのですか？
私のは（多分みなさんのも）こうなってます(^^）

yさんはWebとか画面のインターフェイスとかゲームやら、そういう系のお仕事の人じゃないですか？（多分…）
そちら系の人がイラストレータに接すると、初めは面食らうかもしれませんね。

イラストレータって印刷物を作るのに主としてるので（もちろん他にも使いますが）、
「紙」があらかじめあって、そこに200*40pix.の画像を置いてる、的な扱いに、なるんです。
「原稿用紙のような」と言われているのはまさにその、「紙」があるってことですね。
Webとかインターフェイス系の制作でフォトショップ使ってると「紙」に対して画像を出してると思わないもんかも。

ということで、色味の問題も、
イラストレータは指定しないとＣＭＹＫが初期設定かと思うんで、
それをフォトショップに持っていったら、ＲＧＢなんで、色味が変わったんだと思われます。

皆さんレスどうもありがとうございます。
今までPhotoshopとPainterで作業していたのですが、イラレを使ってみると非常にいい感じに線が引け、加工もできましたので、それでPhotoshop等と組み合わせ使いたかったのです。
　データのやり取りでは
>しゅう
さんのおっしゃられているのと同じ症状ですので、これは仕様と言うことなのですね・・・これだと透明に設定した部分にも色が付いてしまうので困りますねぇ。どうにか回避できないかなぁ・・・
あと>亭主さんからご指摘があった200*40のバナーはピクセルです。解像度は96です。
色が薄くなるのは・・・一応RGBに設定して作った画像でした。
CMYKでもRGBでも薄くなってしまいます。

IllustratorとPhotoshopの互換は悪いのですねぇ・・・

>ですから当然、透明に設定していた部分にも白色の色が設定されてしまってます

Illustrator側
画面<透明グリッドの表示
で書類の背景が透明になりませんか？（背景全て透明になりますが）

>IllustratorとPhotoshopの互換は悪いのですねぇ・・・

そんな事ないと思いますよ。
IllustratorとPhotoshopの連携はいつも行っていますが、
カラーマネジメント等きっちりしていると、色が変る事はあまり無いですよ。
書類のRGBかCMYK、解像度等を合わせるのはもちろんですが。

透明部分もお互い保持したまま、やり取りが出来ます。

>lustratorとPhotoshopの互換は悪いのですねぇ・・・

そんなことは有りません。
がれーじmさんも言われている通り、日常的に行われていることです。

ただビットマップ画像ソフトであるPhotoshopと、ベクトル画像ソフトであるIllustratorでは、その基本的な考え方が違います。
その点の理解が曖昧だと、いたる所で壁にぶつかります。
「基礎講座→ディジタル画像」辺りを参考にして下さい。

再び横レスすいません。

透明にした部分が白くなるとのことですが、EPS形式で保存されているのがネックではないでしょうか。EPS形式の保存は、レイヤー情報が保存されないのではないでしょうか。ビットマップ形式などもそうなのですが、この形式で保存するとレイヤーが統一され透明だった部分が白で埋められてしまいます。これと同じ現象が起きているのでは？（仕事柄EPS形式での保存はやったことがなく暫定的に試してみただけなのでなので確かなことはいえませんが…）
ですから、フォトショで作ったものをさらにイラレで加工したい場合にはPSD形式（フォトショップデータ）で保存して、イラレで開く（または配置）すれば、透明部分はそのまま開かれると思います。

すいません、すべての保存形式でやってみました…とお書きの部分を見落としておりました。

すべてでやってみても白でしたか…。
となると一体どういう状態なのか…。
あとは、保存のときに「オプションを保存」内の「レイヤー」にチェックがついているか…というところぐらいしか思い当たりません。
PSD形式だと確実にいくと思うんですが…。
こんなことぐらいしかいえなくてすいません。