再現してみました。
talenaさんの要請に応えられるかどうか………。

私の場合、重なったパスを選択し、「分割」した場合、重なった部分は全て、個別のパスになります。
その時、事前に「線」を設定してあるかどうかによって、「分割パス」も線の設定が異なります。
ダイレクト選択ツールで、個別のパスを選択し、削除・移動などが出来ます。

残ったパス全てを選択し、「パスファインダ」パレットで、「形状エリアに追加（バージョン10）」「合体（バージョン8）」を適用すれば、”連結”出来ましたけどね。

ここまでの操作では、特に不要なポイントなど出来ませんでしたが。

前述のように、最初のパスに「線」が設定してあれば、分割パス、及びそれの合体パスもクローズパスになっていましたが。

なんか別のことだったんでしょうか。

亭主さん早速のコメントありがとうございます。
単純な図形でいえば二重丸を３つ算数の集合の図みたいに
配置し分割をし交差部分のパスを削除していくと必ず何箇所か
連結できない所ができます。（書き忘れてました。私はVer８です。）どうもパスが二重になっていたりするようです。これがまた具合が悪い.(^^;
しかし、亭主さんに大きなヒントを頂きました。
線の設定です。分割前に線の色を変えておくと上下関係もわかりやすく、後で大変分かり易かったです。二重に重なった部分も
選択した線の太さを変えることで分かり易いです。
いずれにしても地道な作業ですが（＾＾；

何か根本的に私の使い方が間違っているような気もします・・・。　文章で中々説明がし辛いのですが、簡単な方法があるような気がしてなりません。私の周りの解説書はその辺りのことはすんなり済ましてあります。