かなりうしろむきな発案ですが（2つの意味で ^）

テキストフレームを180°回転、テキストを180°回転、とすれば
いちおう右から左に流れますね。
行送りが下から上になりますが（1行ずつバラすか？）
欧文ベースラインが仮想ボディの見た目の上の方に来ますが...

おふざけに思われましたらすみません

（z-）様

＞テキストフレームを180°回転、テキストを180°回転、とすれば
＞いちおう右から左に流れますね。
＞行送りが下から上になりますが（1行ずつバラすか？）

＞おふざけに思われましたらすみません

いえ、これ試してみたら意外にいけるかもしれません。
（ただJavaScriptでOpenType字形の設定を変えることは必要のようですが）
「1行1ボックス」は、以前とある組版指南書で実践なさっていたこともあったようです。
とりあえず段落スタイルと180度回転させたテキストフレームのオブジェクトスタイルを設定しておけば省力化できるのではないかと思っています。
（弱小業者は工夫が必要ですので...）

Word Windows版などの、正しい意味で多言語に
対応したアプリケーションで作成、PDF化して
配置する。
これが間違いない方法だと思います。

アラビア語は前後の文字によって字形が変わるので
単純にJSで順番を入れ替えてもダメだったと思います。
さらにアラビア語に欧文が混在すると欧文は左から、アラビア語は右から流れます。そのアラビア語の途中で行が変わったりするとさらにややこしい動きをします。どうやらWordではできるみたいで、ななしさんのおっしゃるようにWord組版でPDFを作るほうが良いと思います。

＞テキストフレームを180°回転、テキストを180°回転、とすれば
は目から鱗。おもしろい発案です。欧文が混じらなければやってみても良いかもしれません。

いちおう字形が変わったり変わらなかったり（同じ文字で語中にあっても語尾形になるものがある）ところまでは把握しています。
そこで正規表現スタイルを使うことも考えました。
ただ最終的な形さえ決まっておらず、アラビア語中に他言語の単語が混ざるのか、あるいは和文中にアラビア語の単語が入るかなども著者次第なので、おっしゃるようにアラビア語部分のパラグラフはWordで組んでPDFにしたほうが早いかもしれません。

皆様ありがとうございました。

やはりアラビア文字の独立形・語頭・語中・語尾などで形が変わる（しかも例外がある）作業を反映させていくのは難しそうなので、お客様と打ち合わせた結果、アラビア語部分はWordをPDFで書き出してInDesignに割り付けて組み、日本語はInDesignで組むという方向になりそうです（文中に来る他の言語はインラインオブジェクトで対応するつもりです）。
ただ出力結果がどうなるか気になるところではあります。

現行のWindows版Wordは2011でしたっけ？
たしか2007以降はWordから直接PDF保存ができるようになって
いますので、著者の方が作成（アラビア語で）されるなら
やはりWordからPDF、というルートが最適であると思います。
Wordからの直書きPDFは埋め込み可能フォントは必ず埋め込み
されますので、問題はそのテキストの「色」部分でしょうか。
WordはRGBの色空間しか持ちませんので。
PDFの埋め込みフォントを強制的にIllustrator上でアウトライン化し、
Illustratorのオブジェクトにする手法（透明の分割を使うアレ）の方が確実かもしれません。

ななし様

追加フォローありがとうございます。
Office2007は持っていますがまだ実機にインストールしていません。
たぶん著者の方はほぼ間違いなくデフォルトのA4レイアウトにレポート用紙の感覚で入力なさると思うので、印刷される紙面と同じようにWordデータをレイアウトするのは当方の仕事になります。
そのデータに著者の方のテキストを移してPDFに書き出した後、Acrobat上で強制的にグレースケール（品物は1c）に変換したいと思います。

CS5から右から左に流れる言語（アラビア語など）には対応してます。
ただし、正確な入力はMiddleEast版でないと無理だそうです。
体験版もダウンロードできますので参考までに。
http://www.winsoft-international.com/

設定の仕方は下のサイトを参考にスクリプトを書けば対応は可能です。
http://www.thomasphinney.com/2009/01/adobe-world-ready-composer/
ただし段落コンポーザー名は「Adobe 多言語対応単数行コンポーザー」「Adobe 多言語対応段落コンポーザー」（日本語版の場合）でないと動作はしません。

kabu様

ありがとうございます。
参考にさせていただきます。