私もJavaScriptはこちらの皆さんのお力を借りてなんとか作業している程度なのであまり大掛かりなことはできませんが，
「枠」というのはillustratorで作った貼付け画像でしょうか？
それともInDesignで作ったものでしょうか？

ご様子からすると流し込んでいるページを最初から最後まで管理し続けなければいけないようですが，そういった内容のスクリプトを書くのは未経験ではなかなか難しいと思います。
たとえ200件でも，プログラムを考えている間に作業してしまった方が早く終わってしまうことも決して少なくはありませんので，人海戦術のご検討も必要かと思います。

五月様ありがとうございます!!

>「枠」というのはillustratorで作った貼付け画像でしょうか？
>それともInDesignで作ったものでしょうか？

InDesignで作ったものです。線と矩形（塗り、線有り）で制作したものです。

やはり、すべて手作業でやるしかないのでしょうか...。

1つ目
Illustrator等を配置するのが良さそうな気がします

2つ目
コース名の入ったテキストフレームのQ数が13Qで、
そのフレーム幅を100mmにすると仮定して、

var courseNameSize = 13; // テキストフレームの1文字目の大きさが13Q
var W = 100; // テキストフレームを100mmにしたい
var X1,Y1,X2,Y2;
var actDoc = app.activeDocument;
for(var i=0; i<actDoc.allPageItems.length; i++) {
   if(actDoc.allPageItems[i].constructor.name == "TextFrame" && actDoc.allPageItems[i].characters[0].pointSize == courseNameSize) {
       Y1 = actDoc.allPageItems[i].visibleBounds[0];
       X1 = actDoc.allPageItems[i].visibleBounds[1];
       Y2 = actDoc.allPageItems[i].visibleBounds[2];
       X2 = actDoc.allPageItems[i].visibleBounds[1] + W;
       actDoc.allPageItems[i].visibleBounds = [Y1, X1, Y2, X2];
   }
}

こんな感じで何となく出来そうな気がしますが

にゃす様ありがとうございます!!
1つ目はイラストレータという手もあるんですね。
テンパってしまって気づきませんでした。
FireworksやFLASHにあるシンボルのような機能があれば便利だと思ったのですが...。

2つ目はスクリプトを試してみました。
大変たいへん申し訳ありませんが、再度教えていただけますでしょうか。

実行すると
エラー番号：45
エラー文字列：オブジェクトが無効です
行：6
ソース：if(actDoc.allPageItems[i].constructor.name == "TextFrame" && actDoc.allPageItems[i].characters[0].pointSize == courseNameSize) {

とエラーが出てしまいます。
調べてみたのですが、よくわかりませんでした。
よろしくお願いいたします。

あくまでも想像ですが、空のテキストフレームがあるのかもしれません。判定で文字列の無いテキストフレームは飛ばすようにしてみました。
うまくいくと良いのですが。

var courseNameSize = 13; // テキストフレームの1文字目の大きさが13Q
var W = 100; // テキストフレームを100mmにしたい
var X1,Y1,X2,Y2;

var actDoc = app.activeDocument;
for(var i=0; i<actDoc.allPageItems.length; i++) {
   if(actDoc.allPageItems[i].constructor.name == "TextFrame" && actDoc.allPageItems[i].characters.length >= 1 && actDoc.allPageItems[i].characters[0].pointSize == courseNameSize) {
       Y1 = actDoc.allPageItems[i].visibleBounds[0];
       X1 = actDoc.allPageItems[i].visibleBounds[1];
       Y2 = actDoc.allPageItems[i].visibleBounds[2];
       X2 = actDoc.allPageItems[i].visibleBounds[1] + W;
       actDoc.allPageItems[i].visibleBounds = [Y1, X1, Y2, X2];
   }
}