まずあなたが考える最速の手順を書きだして、
それへのアドバイスを求めるというのでないと、
イチから手順を書くのは難しいと思いますよ。
初心者というのも、索引自体を作るのが初心者なのか、
InDesignの初心者なのかによってもアドバイスの仕方は違ってきますね。

その上で、
・名簿自体データベースなので、名簿の索引ってどういうものか、
　ややイメージがつかみにくい。
・同姓同名の判断自体は機械にはムリなので、
　判断自体は作成者がしなくてはなりません。
　判断した上で、異なる「読み」を与えれば、別の項目となります。
　逆に異なる名前も同じ読みを与えれば、同じ項目となります。
　（鈴木一朗と鈴木一郎に同じ「読み」を与えたら、
　同じ項目にまとめられてしまうということです）