InDesign CS3からは正規表現が使えるようになりました。
こうした数字の処理なら正規表現が便利です。
#AdobeのUIはGREPになっていますが、たぶん、regexの間違いです。

数字すべてなら（これなら以前のバージョンからできた）
＼d+
と表現できます。
3桁だけを対象にしたいなら、＼b＼d{3}＼bと単語境界を指定するといいでしょう。
あとは、置換の詳細設定で半角字幅なり、三分字形なりを指定すれば
一度ですべてを置換できます。

手前味噌ですが……。
数字を等幅半角にしたいならば、
まずは文字スタイルで「等幅半角字形」を作っておき、
http://d.hatena.ne.jp/n-yuji/20070624#p2
これで解決するかと。

休日にこんな早い対応感謝してます。
置換にあるのですね！
InDesignの検索・置換を頑張って勉強します。
ありがとうございました。

yujiさんもありがとうございます。
組版ソフトはEdicolorでも同じことをするのにも
いろいろな方向から出来ますが、InDesignもそうなのですね。どうしても使い慣れたソフトと比べてしまいますが主流がInDesignのようですので、がんばります。
わたしもYUJIです。これからもよろしくお願いします。