あれ？　再現しちゃったよ。
Windows 2000sp4　InDesign CS2(4.0.5)　Illustrator CS2(12.0.1)

再現手順
0　InDesign CS2を起動し、メニューから［書式］-［フォント］中に「A-OTF 中ゴシックBBB Pro Medium」があるのを確認しInDesign CS2を終了。
1　A-OTF 中ゴシックBBB Proを親フォントとするグリフレットを作成。
2　グリフレットマネージャに登録。
3　再度InDesign CS2を起動するとメニューの［書式］-［フォント］から「A-OTF 中ゴシックBBB Pro Medium」が消えている。

元に戻す方法
まずグリフレットマネージャから登録した文字を削除。
次に
C:\Documents and Settings\[ユーザー名]\Local Settings\Application Data\Adobe\SING\AssocCache
にあるGothicBBBPro-MediumGeneric.tftを削除
ちなみにこのファイルはInDesignが起動時にSING外字を読み込んで作成するファイル。だからグリフレットマネージャから文字を削除せずにこのファイルを削除しても、InDesignの起動のたびに作成される。

けれど原因も対処法も知らないです。

お～まちさん、確認の作業をして頂きありがとうございました。

ここに書き込んだ後、太ミンや太ゴで試した所、それらの書体は問題がない事を確認しました。
現状、分かる範囲では中ゴBBBのみにこの不具合が発生しております。

早速、Adobeに電話をし、現在、Adobe側にて確認中です。
（今の所、そのような報告はないとの事）
その結果を踏まえてから、モリサワに確認をしようと思っています。

原因等、何か分かりましたらここに書き込む予定です。

自己レスです。
Adobeから回答が来ました。
InDesign CS2のバグでした。
（モリサワフォントでもなく、SINGグリフレットマネージャーでもなく）

CS3ではこのバグは直っているとの事。
当然、CS2でのバグフィックスはありません。

これから回避方法を考えます。