一旦、話を分けますね (^^;)

>Mac OS Xの場合、プリンタドライバは必要なく、そのまま出力される（ダイナミックダウンロード）なのに、

OS X=ダイナミックダウンロードできない書体（OCF）は使えない
という特徴がありますが、OS X=ダイナミックダウンロードというのはおかしいです。
InDesignは内部にダイナミックダウンロード機能を持っていますので、
フォントの面で、プリンタドライバに依存しないのは確かですが、
プリンタドライバなしでは、プリンタに繋がりませんね。
＃もしかして、ホットフォルダに投げてる？

> アップルワークスではきれいに出ている文字が、ドットの目が粗く、インクも薄いものに印刷されてしまいました。

　InDesignは「よりリアルに文字の濃度を再現」しようとするためです。
「目が粗く」ということは、一般的なレーザープリンタですかね。
プリンタ側にK100%を真っ黒に置き換える機能は無いですか？
無ければ、カラーマネジメントをOFFにするしかないかもしれません。
もしくは、プリントするとき、グレースケール変換して
プリントしている場合もK100%文字は淡くなります。

私も以前、OS9.2でインクジェットプリンタを使いこのような症状があり、プリンタメーカーに問い合わせると「QuickDrawの限界かな」とエプソンらしいよく分からない説明をされました。ちなみにこの掲示板では、そんな相談はアップルにするもんだと言わんばかりに返信されました。
私も素人ですが、どうやらこういった症状は単なるクリック操作では解決できないと思います。ファイン用紙を使って美しく印刷しようとするとアラが出ますが、普通紙にプリントすると、それこそ「普通」にプリントされましたが（笑）。版下として使用するには汚いですがね。
ちなみに、試しにPDFファイルに変換してからプリントしましたが、これも不思議とダメでした。画面で確認するとK100％なのに。
難しいことは分かりませんが、InDesignは、なにやら「PSプリンタ」でないと本領発揮ができないということでしょう。それ以外は邪道なのかもしれません。
InDesign3.0に期待しましょう。

>InDesignは、なにやら「PSプリンタ」でないと本領発揮ができない

どうもそのようです。ドライバの問題もありそうですが、どんなプリンタを使っているのかわからないのでレスしようもありませんが（しかもせっかくレスがついたのにほったらかし...）

私も以前、HPのインクジェットでそんなことがありました。やはりpdfに変換してフォントを埋め込んでも状況は同じでした。

HPにといあわせてもらちがあかなかったので、自分でいろいろ調べて、Ghostscript経由でやったらうまくいきました。でもその時は日本語が化けてしまいましたが、今度はpdfから印刷すると美しく仕上がりました。

10.3ははじめからGimp-Printがインストールされているので、なにか解決策はありそうですが、いずれにしても一度Postscript変換が必要でしょうし、自分で試行錯誤するしかないでしょう。

ここで調べれてやってみてはどうでしょう。
http://gimp-print.sourceforge.net/index.php3
http://www.linuxprinting.org/

Sokchoさん、ありがとうございました。試してみます。

思いついたのですが...

OS10.3でしたら、いったん（上で山ちゃんさんのやられたとおり）InDesignからふつうにpdfファイルに書き出して、それをAcroabtでなくPreviewからプリントすれば、きれいに出力されると思います。

私のところでは試しにやってみたら、ふつうのレーザプリンタ（Brother）でもインクジェット（HP）でもうまくいきました。たぶんPreviewが10.3からps互換になったためだと思うのですが...（このあたりはっきりわかりません）

カラープロファイル埋め込まないPDF作って、
Previewの場合ColorSync、AcrobatならColorSettingのCMYKデフォルトに
K100が真っ黒の【おもちゃカラープロファイル】かまして、
CMYK→RGB変換してプリントってことですね。

PDF書き出しの時点でプロファイルを適用する手もありますね。

# この場合、PDF1.3だと透明効果の分割部分がうまくつながらないかもしれない。＜未確認

※すみません17:05 一部訂正させていただきました。

インクジェットのプリンタをご使用なのであれば下記の通りに印刷してみてください。
環境設定の表示画質の項目にある「アンチエイリアスを使用可能にする」のチェックをはずして印刷する。
画面では粗く表示されますが、プリントではフォントのエッジがきれいに出力されると思います。
アンチエイリアスの設定で表示部分にぼかしが行われているので、それを表現しようとしてる可能性があります。
簡単なので試してください。ダメだったらゴメンナサイ。