制作環境は書かれていますが、出力環境が書かれていませんね。

PSファイル（InDesignへの配置画像はEPS）で運用するのが良い場合と、PDF（InDesignへの配置画像はネイティブ形式）で運用するのが良い場合があります。
それらは出力環境に左右されるので、一般論としてお答えすることはできません。

出力関係はPDFです。

検証した結果↓

配置すると、合成フォントが重複するのは普通なのですか？
indesignデータを4面付けで配置したデータを書き出すとエラーが出て落ちるのですが…

検証したことのあるかたから情報を頂きたいです。

まずはじめに、私が誤解していた部分がありそうなので確認しておきます。
トピックタイトルとなっている、「indesignネイティブデータ配置」というのは面付け台紙用ドキュメントに完成したInDesignレイアウトデータを直接配置することを意味しているのですね？
InDesignレイアウト用ドキュメントにPSDやAIファイルを貼り込むことではなく。


> 配置すると、合成フォントが重複するのは普通なのですか？
それを普通と言うべきでないことは当然として、現状InDesignでのオペレーションにおいて、起こり得ることではあります。
User>(Username>)ライブラリ>Preferences>Adobe InDesign>Version 5.0_J>CompositeFont
の中にある合成フォント名ファイルを削除してみてください。


InDesignが落ちる原因とネイティブデータ配置とを直結して考えるのは早計かとは思います。マシンのメモリ不足等の要因も疑ってみてください。
とりあえず、以前うちで起きたエラーを紹介しておきます。

Photoshop 上で透明効果を含む複数のレイヤーを使用したファイルをInDesignに貼り込み、そのInDesignドキュメントを面付け用InDesignドキュメントに直接配置してPDF書き出しした場合、Photoshop画像がいくつかのブロックに分割されます。
それ自体は出力に影響があるわけではないのですが、場合によってはエラーが起きることを確認しています。（再現性は１００％ではない）

書き出したPDFを見ると、分割されたブロックごとに、異なる拡大率で書き出されることがあるのです。
現状、社内ではInDesign直接配置を禁止してはいませんが、なるべくやらない方向で運用しています。（面倒でも一旦PDF書き出ししたものを配置）
なお、直接配置したものをPDF書き出しした際の目視チェックはより厳重に行うことにしています。

いきさん

ご解答ありがとうございます．
面付け等で使用するのはやはりなにかと起こり，一度書き出してから配置というのが妥当みたいですね。

ありがとうございます。