>脚注に2?3桁の数字がでてきました
これは、脚注本文に数字が出てきたということでしょうか。
それとも脚注を示すために振る、本文の脚注番号ということでしょうか。

>割注の処理ですと
脚注と割注は、どういう関係なのでしょう。
もし、脚注の当該番号を示すために振る、本文に付ける脚注番号を、割注で処理したいということなら、
本文中にどのようにその番号を入れ込みたいとお考えでしょう。
そうではなくて、400の注があり、それを脚注で処理しても割注で処理してもかまわないが、
割注では縦中横が効かない、というご質問でしょうか。

いまひとつイメージがつかみにくく、見当違いなら申し訳ありません。
「こうしたい」という画像などあれば、正確なレスが付きやすいかと思います。

ちなみに脚注機能や、ルビの縦中横機能は、CS2からです。