＞カラーで文字の色を変えて確定した後、黒に戻ってしまいます。
↑これの意味するところは、

＞文字スタイルとかは出来るだけ使いたくありません
↑これに対する理由、という解釈でよろしいですか？

文字スタイルの設定画面内「塗りカラー」で色を決め、OKボタンを押し、
再度文字スタイル設定のウィンドウを開くと前回の設定値がなくなり [黒] になっている、という事なのでしょうか？
読解力がなくてすみません。

>カラーで文字の色を変えて確定した後、黒に戻ってしまいます。
期待するような機能はInDesignにはありませんね。
テキストをインライン入力にしてない限りドキュメントに入力した段階で確定されています。
修正前と修正後でテキスト書き出しを行って、テキストコンペアをかけるとか、ちょっとお高い（だいぶ高い？）ですがPDF書き出ししてProof Checker PROで比較するとかなどがあります。このような方法で、入力作業と校正作業を分担できると思いますが、いかがでしょう？

> 期待するような機能はInDesignにはありませんね。

バージョンアップすればInDesignCS5からの「変更をトラック」という機能を使えます。
というアドビ的な解決方も一応ありますが、機能的に「簡単で効率良い」かというとかなり微妙です、ストリートエディタ上でないと変更がわかりませんし

文字修正のチェック程度なら、PDFを書き出してAcrobatの「文書を比較」をかけるというのはどうでしょうか。