これはもう少し状況を整理してもらわないと、どうすることもできないような気がします(^^;)。

まず、お使いのInDesignとOSの種類とバージョンを書いてください。

その上で、登場人物を整理してください。

　　A：フレーム揃えを下左揃えに設定したボックス
　　B：回り込みを設定したボックス

この両者は同じものですか？　それとも別々のボックスですか？　もしくは、

　　C：回り込みを設定した別のオブジェクト

が存在するのでしょうか？

そして「下揃えが解除される」とは、ダイアログのチェックボックスが勝手に外れてしまうということでしょうか？　それとも見かけ上テキストが下揃えにならなくなってしまうということなのでしょうか？（もしそうなら、周囲のオブジェクトの位置関係はどうなっているのでしょう？）

これらがはっきりしないと、まず問題になっている状況を想像できません（少なくとも私の弱い頭では）。

もうひとがんばりして、状況をきちんと整理してみてください(^^)。

失礼しました。AとBは別々のボックスです。
下揃えが解除されるとは見かけ上テキストが下揃えにならなくなってしまうということです。

それからInDesign2.0でOSは9.2です
度々すいません

まず最初にお詫びします。
テキストフレームオプションのフレーム揃え設定はチェックボックスではなくポップアップメニューですね。
トンチンカンなこと書いてしまって申し訳ありませんでした。

さて、
))失礼しました。AとBは別々のボックスです。
))下揃えが解除されるとは見かけ上テキストが下揃えにならなくなってしまうということです。

ということはAのすぐ地側にBがあって、重なり合っているわけでもないのに、A内のテキストがボックスの下端から浮き上がっている、という感じでしょうか。
だとすると、回り込みを設定したBのボックスに回り込みのマージン（余白）が設定されていませんか？
「テキストの回り込み」パレットでBに設定された回り込みのマージンを確認してみてください。
あるいは、B以外に回り込みを設定したオブジェクトが近くにありませんか？　そういうつもりがなくても、Bに回り込みを設定するときに、うっかり他のオブジェクトも選択してしまって回り込みを設定してしまったかもしれません。その辺りも確認してみてください。
ご検討をお祈りしてます(^^)。