ご使用バージョンが書かれておりませんが、まあ大差ないのでしょう。。
　プリフライトでは画像解像度やカラーに関してしか見れないようですね。そりゃそうですね。Acrobatのプリフライトプロファイルもそんな感じでした。

簡便な物でよければスクリプトで調べられます。
用は左右・天地の反転方向を問わず高さ（H）がマイナスになっている物を探すだけなので

var ag=app.activeDocument.allGraphics;
for(var i=0; i<ag.length; i++){
if(ag[i].verticalScale<0){
ag[i].itemLink.show();
try{
ag[i].select();
}
catch(e){} //ロック・非表示対策
alert("反転されたリンクです");
}
}

これを保存やプリントのタイミングでイベントハンドラとして仕込めばいいんでしょうけど。。どなたかに頼んでください