まず、お手元でお試しになってみては。
やってみてできなかった時に、改めて質問したらよいと思います。

判断材料不足で一般論しか言えませんが、まあ、普通にできます。

返信ありがとうございます。
うまく表現できないのですが、左ページにＡマスター、右ページにＢマスターを適用しているのですが、フレームグリッドが連動してくれません。
マスターページを適用すれば、自動でフレームグリッドもかわってくれるということでしょうか。
アドバイスお願いします。

＞マスターページを適用すれば、自動でフレームグリッドもかわってくれるということでしょうか。

手元にお持ちでしたら、一度やってみてからの方が
答える側も答えやすいかと……^^;
ダメだったとしてもctrl+zで大概なんとかなります。
不安でしたら、コピーファイルを作っておいて、
試してみられてはいかがでしょうか
（多分、自動でフレームグリッド、変わると思います）

あと、
もしかして、うまくいかない原因は
左右でマスターが違っているから？？？と思ったり……。
（ちなみに、同じマスターでも行間は変えられます）
現物が手元にないので、想像で言ってます、すみません。


最後に一つだけ……
基本的にインデザインのバージョンは
お書きになった方がよろしいかと……
（バージョンによってできるできないがあったりしますので……）

……この板なので、インデザインだとは思いますが……^^;

レス書きかけて消えてしまいました。。

CS6以降でしたらプライマリテキストフレームについて調べてみてください。
http://study-room.info/id/studyroom/cs6/study01.html
掲示板だけでなく、勉強部屋のコンテンツ全体に目を通してみれば物知りになれるかも。

ご指摘ありがとうございます。
あせっていたもので、大変失礼しました。
WIN7 CS5.5です。
今回の件は、普通であれば、体裁を統一するということで一つのマスターがあれば済むことなのですが、今回に限っては原稿通りに組み上げてほしいということで、文章を流し込んだ後に行数の違いに気がついたものですから、マスターページを適用ということをやってみたのですが、１ページ目がＢマスターで始まったものを途中からＡマスターに変更しようとしたところ変更がなされなかったので、フレームグリッドの設定で、Ａマスターの設定をしましたら、すべてのページにＡマスターが適用されてしまい質問しました。
いろいろと試してはみたのですが、Ａマスターから始めた文章を途中からＢマスターを適用としてもＡマスターページの行数のままでしたので、先に進めず困っております。
アドバイスよろしくお願いいたします。

純粋に行数が減ればよい、ということでしたら、
Aマスターのまま、本文上に回り込み属性を持たせた長方形でフタをしてしまうなどの手もあります。。

状況がもひとつわかりませんが……
連結したフレームグリッドなら体裁は同じでないとダメではないかと思います。
でも、同じフレームサイズで40行と39行の版面を揃えたいのであれば、グリッド揃えを解除して行送りで調整するしかないのではありませんか？

返信ありがとうございます。
works014様の仰るとおり版面も揃えたかったので、質問しました。やはりグリッド揃えを解除して調整するしかないみたいですね。
アドバイスありがとうございました。