当方も10.11.1なので、興味がわきCS6をCreative Cloudからダウンロードして確かめてみました。
⌘+Zで、なるほど、戻りません。規則性がないのか、4回もどるときと2回でおしまいなときもありました。
最初、四角いオブジェクトを５、６個描画+線をひき+数文字のテキストボックスを配置して⌘+Zした時はきちんと戻るので、個人個人の固有な問題かなと思いましたが、「過去制作したデータ」を開いて確認したところ、上記の件をみとめました。

ちなみに、パッケージ版のCS5では⌘+Zは正常のようでした。

現在わたくしはCC2015にて作業しておりますが、いまのところ「インデザイン」については問題なく使用しております。

CS6はOSX10.11に非対応なのだろうとおもいます。
解決方法は提示できず、ごめんなさい。

shinmarugo様
貴重な時間を割いていただき情報ありがとうがざいます。
確かに不規則です。他にも不安なところがあるので、CC2015に移行します。
10.11.1上での（以下パッケージ版）CS5は試していませんが、CS4は全く起動できませんでした。
ヨセミテでのCS6は問題なしです。
ちなみにスノーレパードではCS3～6まで混在させていますが、問題なしです。
以上、ありがとうございました。