通常、プロポーショナル欧数（基本ラテン）は、単語間の分離禁止です。
これはInDesignというよりは欧文としての組版処理としての基本になります。

InDesignの場合、例外的に、欧文泣き別れの設定をすればアルファベット類は行末・行頭で分割しますが、
数字はその対象にはなりませんから、措置できません。
これも例外的に、全角数字を入力して、字形パネル等でプロポーショナル字形の情報を割り当てることで
分割させることもできますが、これができるのはAdobe-Japan1仕様のフォントの場合だけであって、
それ以外の場合は意図しない結果になります（日本語TrueTypeでは全角に戻りますし、欧文フォントでは
フォント自体が適用できません）。

なので、既に行っているとは思いますが、強制改行（shift+enter）を入れるくらいしかないでしょう。
または別途外字として、Adobe-Japan1仕様のフォントとして数字部分を作成しなおすか、です。
例外的な組版処理なので、例外的な措置を取るしかない、というのが実際のところです。

あさうす様
結局、設定でどうこうできず「どうしようもない」ということなんですね。
かなりの箇所に4桁の数字が入っているのでショックです…。
これはもうかなりの手間なので数字は和文にするかもしれません。

行われようとしていること自体が例外的なこと、という点が重要ですし、
「なぜそれが必要なのか」はInDesignの処理を含む、組版設計として検討された結果としての話でしょうか。

InDesignに限らずですが、文字組版は字形に紐づいている文字コードを元にして処理されることが原則です。
ですので、そのコードで処理を行わせている限りは、イレギュラーな動きを持たせることは普通はできません。
これは横組みであっても、縦組みであっても同様です。

また、長い桁数であればわからなくもないですが、もし横組みの4桁であれば許容範囲内だと思います。
逆に、縦組み内で1文字ずつ縦中横として起こした場合については場合は確かに影響度が高いですが、
それ以前の話で、欧文フォントを縦組み内で回転した場合の体裁バランスの考慮が欠かせません。

文脈より、縦組み＋「縦組み中の欧文回転」で処理しているように思えるのですが、
欧文フォントの場合は仮想ボディの中心にグリフが来るわけではないことの考慮であったり、
欧文泣き別れの設定でアルファベット類は分割されても、文中で文字が並んだ場合については
ケースによってはグリフがバッティングするおそれがあります。
そうなるとあらゆるところに手を加える必要があり、現実的に全部確実にチェックできるかどうかという
影響になってきますので、その負担も含めて判断せざるを得なくなってきます。

現実的にどう処理するか、
私だったら、数字の間、4桁だったら、3箇所に、
幅がゼロかゼロに近いアキを入れて対処するでしょうか。
ちょっといま検証できませんが。。。

>数字の間、4桁だったら、3箇所に、幅がゼロかゼロに近いアキを入れて対処

「結合なし」文字、でよいのでは。

あさうす様
組みは横組みです。今回300ヵ所ぐらいはでてきます。ボックスの横幅が狭いため、字間が開いてしまうケースが多いです。
「グリフがバッティングする」ということに関して知識がありませんが、通常、手動で制御しなければならいということは分りました。

まる様
間にアキを入れるとは？特殊文字を入れるのでしょうか。
また、それをする意味は、連数字にしないようにするということでしょうか。

（z-）様
「結合なし」を試してみましたが、連数字のままで、バラけてくれませんでした…。

特殊文字を入れるのが可能性がありそうですが、何を入れていいか分りません…。

「結合なし」や極細スペースでは分離しませんね。
半角スペースなら分離しますので、文字の横幅を1％に設定した文字スタイルを作って、4桁数字の間三か所に入れた半角スペースに適用するとやや文字間があきますができました。

嗚呼、少し遅かったですか…
Subiさんと同じ意見ですが、折角下書きしたので書き込んでおきますね。
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横組みでしたか…ちょっと力業になりますが、分割可能としたい欧文や数字間に欧文スペースを幅1%で入れると分割可となります。また、欧文スペースですので行末吸収もされます。
※欧文スペースが33/100em程度としたばあい、その1%＝1/100ですから0.33/100em程度…
※全体のバランスを考慮してすべての英数字間に挿入した方がベターでしょうね
※和字間隔と欧文スペース以外のスペースは前後の文字と分割禁止になると考えています。

Subi様　works014様
教えていただいた方法で、理想の状態ができました！

＞※欧文スペースが33/100em程度としたばあい、その1%＝1/100ですから0.33/100em程度…
＞※和字間隔と欧文スペース以外のスペースは前後の文字と分割禁止になると考えています。
この辺りの意味がよく分っていませんが、時間のある時に研究してみたいと思います。

ぱっと見、1％でしたら空いているようには見えない気がします。（元々の字が小さいので目立たなそうです。）
ここをやるなら、欧文全部ですかね…。欧文は該当箇所がほとんどなさそうので、出てきたらそこは手動で改行しようかと思います。というか、長い欧文の全ての字間にスペースを入れるのは、ちょっときびしいです…。

>ぱっと見、1％でしたら空いているようには見えない気がします
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これの理由が「欧文スペースが33/100em程度としたばあい、その1%＝1/100ですから0.33/100em程度」ということです。
例えば文字サイズが10pt（Q）で欧文スペースがその1/3程度だとした場合、1%幅の欧文スペースは10×1/3×0.01＝0.033pt（Q）にしかなりません…

>ここをやるなら、欧文全部ですかね…。

最初のレスであさうすさんが書いてますよー

>InDesignの場合、例外的に、【欧文泣き別れの設定をすればアルファベット類は行末・行頭で分割します】が、
>数字はその対象にはなりませんから、措置できません。