最初に投稿を行った者とは別の者ですが、追加してご報告します。

SING外字の追加を行い更新を行った後で、SING外字を使用しているInDesignドキュメントを開いたところ、一部のSING外字が別の親文字を持つSING外字と入れ替わってしまいました。
それも、同じ文字がすべて入れ替わったのではなく一部だけ入れ替わりました。
再現性があり、PCを変えても同じ部分のSING外字が入れ替わります。

いろいろと調べたところ、SING外字がドキュメントに保存されておらず（SING外字の登録を行っていないPCではSING外字は親文字でしか表示されませんでした）、不完全な状態でSING外字であることがドキュメントに書き込まれている文字が、別のSING外字にずれて（１字追加した場合は追加した字の親文字のユニコードより後にあるSING外字が１つずれます）いるようです。
「不完全な状態でSING外字であることがドキュメントに書き込まれている」とは、InDesign互換ファイルで出力したところ
<gaiO gaiD="x_4_c_RyuminPr5-Medium_l_fffd_l_0_l_3192" STof="l_169" Self="rc_u12agaiO169"/>
という外字（を読み込む？）記述があるものの、SING外字を登録していないPCでは表示されないことから判断しています。
このInDesgin互換ファイルを開いても、同じ箇所のSING外字が別のSING外字に置き換わってしまいます。
しかし、上記の<gaiO……の行を削除してから開き直すとSING外字は置き換わりませんでした。
SING外字であるにもかかわらず、最初から<gaiO……の行のないものの方が多く、これらは置き換わりが起きていませんでした。

SING外字がドキュメントに登録されないという現象は、一度保存したドキュメントを修正して保存し直すと起きるようです。
もう少しわかりましたら、またご報告いたします。

SING外字の不具合ですが、「ドキュメントに使用しているSING外字が埋め込まれない」という問題に関しては、ページ（スレッド）単位で全選択し新規ドキュメントに同じ位置にペーストして保存すればSING外字の埋め込みは正常に行われるようです。
別名で保存では問題は解決されませんでした。
しかし、SING外字を更新した際に使用していた「親文字の違うSING外字に置き換わってしまう」という問題は、前の投稿の「不完全な状態でSING外字であることが書き込まれている」ということではなく、「SING外字として書き込まれている」場合に起きるようです。
「SING外字である」という情報が無い場合には、「aalt：何番」という情報をもとにSING外字が選択されるので、SINGの更新を行っていても置き換わりが起きない（但し、ドキュメントを開くPCのSING外字登録に依存する）ようです。

SINGグリフレットの不具合についてのアドビへの報告は、最初に投稿を行った者がフォームから行いました。

アドビからの回答ではなく伝聞情報ですが、このSINGの問題は今回のUpDate（CS2 4.0.3）では解決されていなくてCS3までには何とかしたいということらしいです。

ドキュメント内の「全ての異体字」をチェックするJavaスクリプトを書きました。親文字が指定されているSING外字はチェックできると思います。
表の中に表を含むような複雑なものまではチェックできません。
var myStories = app.activeDocument.stories;
var zoom = app.activeWindow.zoomPercentage;
for (i=0; i<myStories.length; i++){
for (j=0; j<myStories[i].characters.length; j++){
var check = myStories[i].characters[j].opentypeFeatures[0];
if (check != null){
if(check[0]=="aalt"){
app.selection = myStories[i].characters[j];
app.activeWindow.zoomPercentage = zoom;
var flag = confirm("文字カラーをM100にしますか?");
if (flag){
myStories[i].characters[j].fillColor = "C=0 M=100 Y=0 K=0";
}}}}
for (var j=0; j<myStories[i].tables.length; j++){
for (var k=0; k<myStories[i].tables[j].cells.length; k++){
for (var l=0; l<myStories[i].tables[j].cells[k].characters.length; l++){
var check = myStories[i].tables[j].cells[k].characters[l].opentypeFeatures[0];
if (check != null){
if(check[0]=="aalt"){
app.selection = myStories[i].tables[j].cells[k].characters[l];
app.activeWindow.zoomPercentage = zoom;
var flag = confirm("文字カラーをM100にしますか?");
if (flag){
myStories[i].tables[j].cells[k].characters[l].fillColor = "C=0 M=100 Y=0 K=0";
}}}}}}}