二版入稿

» Photoshopでシアン(C)とマゼンタ(M)のチャネルのみに画像をおき、C版、M版それぞれを特色におきかえるように印刷所に出力指示書で指示する。

» > シルク印刷用で二版のデータ

ＣＤの盤面印刷かなんかでしょうか？

一般的なシルク印刷では、
・刷色どうしのかけあわせができません
・アミ点による階調表現ができません

つまり特色ベタ２色印刷で、オーバープリントによるかけ合わせもできません。

> グレースケールで入稿して特色指定

階調表現したいのであれば、まず印刷所に可能かどうかの確認が必要です。

トラッピングは必須なので、Photoshopデータではキツイのではないですか？

印刷所の方で、かけあわせＯＫならば、
只の通りすがりさんの言われる方法がベストでしょうね。