質問です

» リンク切れが起きないやり方というより、起こさないようにするということですよね？
イラストレーターで画像をリンク配置したものに関しては、Quarkの「出力ファイルの収集」でも画像は集まってきません。DTPオペレーターとしては、手動でリンク切れが起きないように、画像をコツコツ収集していく方法がいちばん確実で安上がりだと思います。収集ソフトや、リンク切れをチェックするソフトもありますが、フライトチェックはバカ高いですし（頻繁に使うなら導入するに越したことはないですが…）それ以外のプリフライトソフトは使ったことがないのでわかりません。
データが軽くなりますし、画像に問題（色変換など）があった場合なども、画像はリンクの方がベターですので、あとは根気良く収集して下さい…
こんなアドバイスですみません…

» リンク切れの一番手っ取り早い方法は・・・・ただ一つ
全ての使用したファイルを同一階層にまとめてしまうだけです。
パーツ毎にフォルダー別けしたりすると、バックアップを作成した時点で、
リンク切れを起こしてしまいます。
元ファイルから見た相対パスでファイル位地を記憶してくれれば問題は
起こらないはずですが、ＱＸの場合は絶対パスでファイルのリンクを
記憶している仕様だったと思います。

» >元ファイルから見た相対パスでファイル位地を記憶してくれれば問題は
　それはそれで、別の問題が起きるでしょ^^

>ＱＸの場合は絶対パスでファイルのリンクを
記憶している仕様だったと思います。
　XPressは、フォルダの管理用ID、絶対パス、相対パスの順でファイルを探します。