» 透明機能を使っているのであれば、ごく普通の挙動ですし、
AI形式の保存も、オプション次第で容量は増減します。

EPS時のメリットは、
「Encupsulated PostScript」が正式名称ということを
考えればすぐわかるのではと思います。
また、画像を含まないファイルは出力側にとっては
喜ばれるものではないだろうと考えられます。
ご自身で、画像を含む・含まないファイルをそれぞれ作成し、
新しいドキュメントにリンクで貼りこんで出力すれば理由がわかります。
（そのままDistillerに丸投げでもいいですが）

» EPSのメリットは安定性と画像の入稿忘れ等のミスを防ぐ意味合いが強いです。
保存後に配置画像の名前を変えてしまう方や実際に配置したのとは違う同名の
ファイルを入稿してくる方や配置ファイルを入稿し忘れる方がいるのです。

画像の配置時にリンクのチェックを消して埋め込んだ場合はai形式でもファイル
サイズが大きくなりますね。またEPS形式にすると透明効果等を使った部分が
ラスタライズされたりしますのでファイル容量が大きくなるのだと思います。
9や10で作られたデータはファイルサイズが大きくなりがちです。

実際にファイルを拝見していないのでわかりませんが画像を配置するときに
リンクにして「配置した画像を含む」のチェックを外した場合は画像が含まれ
ませんので配置画像を入稿しなかった場合、出力に支障が出るのではないかと
思います。EPS形式で「配置した画像を含む」のチェックが入っていた場合は
Illustratorの機能で画像を抽出できますのでなんとかなるのですが・・・