しょうもないことかも・・・

» プリファレンス捨てる。

インでザインに関わるもの一切合切
ゴミ箱に捨てて再インストール。完璧。

» InDisignの環境設定を全てデフォルト値に戻したいという意味でしたら

WindowsではInDesignを起動後、ただちにShift+Ctrl+Altキーを押します。

Macintoshでは、Shift+Option+Command+Controlキーを押しながらInDesignを起動します

警告ダイアログボックスをリセットするには：
編集／環境設定／一般（Windows）またはInDesign／環境設定／一般（Macintosh）を選択します。
「すべての警告ダイアログをリセット」ボタンをクリックし、「OK」をクリックします。