イラストレーターにフォトショップデータを配置した際の背景

イラストレーター９とフォトショップ６を使用しております。
今まで偶然に頼ってやっていたのですが、よくわからなくなってしまったので、ここでお伺いします。初歩的な質問でしたら申し訳ありません。
フォトショップでマスクをかけ、それを適用したもの（つまり背景が透明になっているものを）イラストレーターに配置した場合、通常はクリッピングパスをかけなければ背景は白く表示されると思いますが、稀にクリッピングパスをかけなくてもそのまま透明部分が維持されたまま配置出来ることがあります。これが出来る時と出来ない時の違いは何かあるのでしょうか？
もし分かる方がいらっしゃいましたらよろしくお願いします。