» 完璧な変換方法は無いと思います。
次善の策なら目的によっていろいろ方法があると思います。

お客さんが持ってきたものをそのまま刷るということなら
AcrobatでPDF/X-1aに変換するのが一番望ましいです。
いずれにしろWindows環境は必須ですが。

» Windowsのパワーポイントで作成したものを
普通にMacのパワーポイントで開いても、レイアウトは
ガタガタになります。

m_ogawaさんもおっしゃってますが、
Windowsの環境は必須でしょう。

» 製版の仕事をしているものです。例えば、ちょっとした雑誌などの仕事で、本文はmacのQuarkで作られていて、広告頁はそのクライアントから直接データをもらうなんてことがあり、windowsのパワーポイントで作られていることが何回かありました。
うちの会社ではwindowsマシンはあっても、windowsの出力環境は整っていないので、macのイラストレーターのデータにして書体のアウトライン化などを行います。
前置きが長くなりましたが、どのようにしているかというと、パワーポイントをPDF/Xにし、アクロバットで開いてps保存（又はeps保存）してから、イラストレーター10で開いています。（10でエラーがでる時は8か9で開く）　かなり強引な方法なのですが。。
最終的にイラストレーター8にするのであれば10から8に保存しておしまいです。
かなり強引な方法ですが。。。。

理由はわからないのですが、データによって、psがイラストレーターでエラーが出て開けなくても、epsで保存してみると開けたり、イラストレーター10で開いてみたら、文字化けしてしまうものが、8で開くと大丈夫だったりと、毎回いろいろ試しながら行ってます。

お役にたつかわかりませんが、同じことをやろうとなさってる方がいたもので。