埋め込んだ画像をリンクに代えたい

こんばんは。
検索をしてみたのですが、うまく見つからなかったので質問させてください。

MacOS10.4とCSで写真をリンクで配置したデータを作成しai形式で保存をしました。
その後、入稿先に合わせてIllustrator9の形式で書き出して保存をしました。

MacOS9.2を起動して、Illustrator9で書き出したデータ開くとリンクで配置していた写真の一部（全部ではありません）が埋め込みになっていました。

こういうことってよくあるのでしょうか？
それとも何か設定に不備があるのでしょうか？

リンクを再設定すると直るのですが、配置している写真の点数が多いので大変面倒なことになっています。

MacOS9.2の調子がすごく悪くて（文字を変換するとフリーズする等）それで作成することができませんので、現在はおそるおそる開いて少々の訂正に使用しています。

埋め込まれた画像を一度に変更する方法があれば、年末繁忙時、当面の間はしのげそうなのでどうぞご教示くださいませ。

よろしくお願いいたします。