» 001
自動処理でEPS保存した後に「Renamer」という便利なユーティリティがありますので、それでファイル名を変更されては如何ですか？

» 002
MacOS X 10.4をお使いのようですので標準のAutomatorで連番付ファイル名に一括変更が可能です。

» 003
返事ありがとうございます。イラストレーターは別のパソコンで使用しており、環境はOS9.2です。
自動処理した後にファイル名を変更しても良いのですが、自動処理での保存だとアクションを登録（録画）した時の物になり、他のファイルでそのアクションを実行すると、アクションを作成したときの保存場所・ファイル名で保存されてしまいます。この保存場所を任意の場所、もしくは開いたファイル（処理を行なうファイル）の保存場所にしたいのですが、保存設定の仕方がわかりません。

» 004
Ver10以上だとバッチ処理で任意の場所が選べますね。
（Ver9は今ありませんから？です）
8ですとバッチがありませんから（もしかしてあります？？）任意の保存場所毎にアクションを作られたら如何でしょうか？