ＭＫのダブルトーンについて

ダブルトーンについて教えてください。
元々特色2色で作られたEPS画像がありまして、それをイラレに貼るのですが、イラレはMKの2色で出来ているためダブルトーンのまま色成分だけをM100、K100に置き換えました（インキ1：M100　インキ2：K100）。
これをRIPにかけたところ、ダブルトーンではなくおそらくRIPが自動でCMYKに変換したもののうちのMK版が出力されました。
この時はダブルトーン設定のインキ名を（インキ1：マゼンタ　インキ2：ブラック）にしたら正常に出力されました。
他にも同様なことがあり、やはりMKのダブルトーン画像なのですが、Qurakに貼り付けた画像も同じようにCMYKに変換したもののMK版が出力されました。この時はイラレの経験がありましたので、インキ名は（インキ1：マゼンタ　インキ2：ブラック）にしていました。
しかしこの時はインキ名を（インキ1：ブラック　インキ2：マゼンタ）にしたら正常に出力されました。
ちなみにスウォッチカラーの名前はインキ名に合わせてあります。
それ以降ダブルトーンを使うのが怖いので、特色の時以外はCMYKモードのMK版を使うようにしています。
ダブルトーンでプロセスカラーを使う場合、お決まりの設定などがあるのでしょうか？ご存知の方、どうかご教授下さい。

エラーの出たときの環境ですが
RIP:celebrant、Prinagy 共に同じ結果でした
Illustrator:ver.8.0.1、CS 共に同じ結果でした
Photoshop:5.5、6.0、7.0、CS すべて同じ結果でした
QurakXPress:4.1
OS:9.2.2、10.3.9

以上です。説明が分かりづらくて申し訳ございません。
よろしくお願い致します。