数字の位とコンマ

皆さんのご意見をお聞かせください。
実は、現在会社一覧（縦組み）のような物を手掛けていまして、今まで資本金や売上げといった数字が漢数字で記載され、「見ずらい」と言うことで算用数字に変更することとなりました。
見本を作り、結果的に「億」「万」といった位を付けた表記に変更することになり、「１２３億９０００万円」と言うように変更。
ところが今度「１２３億９、０００万円」と言うようにコンマを追加と指示が来て、そこで思ったのですが、「１、２３９、０００万円」と言うのでしたら必要かもしれませんが「単位が付いているのだからコンマは必要か？」と思うようになった次第です。
クライアントが付けるように言っているのですから何も考えずに追加すれば良いのでしょうけど、ちょっと気になった物で、表記方法に正解があるのかは判りませんが、皆さんのご意見をお聞きできたらと思います。よろしくお願いします。