カラーパレットから色が消えた

初めまして。
デザイン会社でオペレーターをしている者です。

機種：Mac G4
OS：OS9.2.2
メモリ：512MB

上記の環境でクォーク3.3を使っているのですが、
あるページ物のデータで、一つのデータから、
2パターンのデータを作るという物がありました。
で、作ったのはいいのですが、
後日、修正が入ったので訂正したデータを入稿したところ、
片方のデータで一部だけ色が異なるという問題が発生しました。
そこで問題となったのが色の指定ミスではなく、
「カラーパレットにあるはずの、その色が消えている」
ということでした。
修正時には、カラーパレットには一切触っていません。
同様の修正を行った、もう片方ではそのような問題が発生しておらず、
単純にデータが壊れたのかどうか分からないため、
先方にも問題の説明が出来ずにいます。
どなたか、分かる方いませんでしょうか？

よろしくお願いします。