画像の埋め込みとパスデータついて

お世話になります。

とある業務の入稿で、先方の指示で、画像は埋め込んで入稿するようにとの指示がありました。

そこでCMYKの画像のフォーマットをPhotoshopEPSでエンコーディングをバイナリにして（JPEGでは埋め込めない為）、リンクパレットから画像を埋め込みにしていました。

1回目の入稿では何の問題もなく完了、印刷もされ、入稿先からも何も言われませんでしたので、今後もこれでOKであると認識していました。

先日同様のやり方を2回目の入稿データ作成で行った所、イラレ上でなのですが、Photoshopデータのパスが埋め込みをするとモニター上ではきちんと抜けない状況が発生しました。

Photoshopのパスをクイックマスクモードで確認を行う等してパスが正常に機能している事も何度も確認をし、パスを作成しなおしたりもしましたが、改善されたりされなかったりで、何が明確な原因になっているのかがわかりませんでした。

プリンター出力や校正確認用のPDF（1.3形式）変換では、画面上ではそのようになっていても、問題なく切り抜かれて出力はされるので、止む得ずそのままデータ入稿を行いましたが、正直不安です。

使用OSはMAC OS 9.2.2でillustratorは8.0.1、Photoshopは7.0.1となっています。

Googleで検索をして調べたりもしたのですが、配置画像を含む＝画像を埋め込むという意味では、入稿仕様書を確認した段階では無いですし、画像を埋め込んでのAI形式の入稿で前回は指摘も受けて居ませんでした。

今後もありますので、どうしたものかと悩んでおります。

何か解決策をご存じの方がいらっしゃいましたら教えて頂きたく、宜しくお願い致します。