いろいろ検索をかけて調べたのですがわからなかったので質問させてください。

illustratorCS2とphotoshopCS2で作業しています。

photoshopで色補正し、illustratorに配置して出力したEPS画像が、
photoshopから直接出力したものに比べると
M版が弱めというか、暗く劣化したような状態になってしまいます。
illustratorからの出力とphotoshopからの出力で
出力の色具合が変わるというのはよくあることなのでしょうか？
またこの画像を印刷会社に渡す場合、どちらの色味にあわせて色補正をすべきなのでしょうか？

なお、カラープロファイルはどちらもjapan color2001に設定してあります。

どなたかご存じの方、ご教授よろしくお願いいたします。