オブジェクトが勝手に切り抜きされます

こんにちわ。
Mac OS 9でIllustrator9.0.2を使用しています。
作成したデータを開くと、グループ化していないはずなのにファイルの中のオブジェクトが全てグループされていて、グループ解除すると重なったオブジェクトが所々切り抜きされてしまっています。
また、透明効果を使用していたところが、見た目は作成した色のままですが100％の色に変換されてしまって透明効果がなくなっています。
これらのデータは、photoshopで作成したJPEGデータを配置したファイルやIllustratorだけで作成したファイルがあるのですが開く時に「カラーモードを変換しますか？」という表示が出ます。
それと、透明効果を使用してマスクを作成したオブジェクトをコピーして新規画面にペーストすると同じように切り抜かれたり分割されたりします。
透明効果を使用したファイルでこういう現象が起きているように感じるのですが、何か関係があるのでしょうか？
解決方法等がわかる方がいらっしゃいましたら、お力を貸していただけませんか？
よろしくお願い致します。