イラストレーターCS2の書類に、フォトショCS2でEPS（エンコーディングJPEG最高画質）保存した画像をリンクで貼り込み、EPS保存(配置した画像を含むにチェック有り)をしました。
配置した画像は全部で7点です。
再度書類を開くと3点のみ埋め込みになっていました。
7点の画像はすべて同じEPS形式で保存していますし、ほぼ同時に画像の処理を行っています。

埋め込みになってしまった3点に関してはリンクパレット上で画像イメージが逆さになっていて、リンクを取り直すと貼り込んでいるデータが180度回転＋反転してしまいます。
TIFFやJPGデータで画像イメージが逆さになることはありましたが、EPSで起こったのは初めてです。

こちらのデータ上ではとくにフィルタや効果は使用していません。
今までも同様の作業をしていて特に問題がありませんでした。
いろいろ調べてみたのですが、原因がわからないので原因と解決方法をご存知でしたら教えてください。

作業環境
Power PC G5
OS：10.4.7

よろしくお願いいたします。