CS３の透明効果＋特色の不具合

他社が作成したillustratorCS3の、
DIC＋Kで作成されているデータのDICをM版におきかえるという作業をしました。
画面上ではなんら問題なかったのですが
出力してみると、色を置き換えた後のぼかしの境目がきれいにぼかされていません。
（境目がくっきりできてしまっているというか…）

色の置き換えは、
スウォッチ上のDIC色の設定をM100に変更する
↓
そのスウォッチを破棄する
という手順で行っています。

DICのまま印刷するときれいにぼかされており、
また、スウォッチ上でDICの設定をM100にするだけでも問題ありません。
スウォッチを破棄すると、出力が異なってしまいます。

透明効果を使用している場合、
データ保存時に「透明効果と特色を使用していると正しく出力されない場合が～」みたいな警告文が出ますが、
この現象のことを指しているのでしょうか？
また、こういった事態をさけるための対策はありますか？
後の修正が面倒でも、photoshopにもちこんで一枚画像にしてしまうのが一番の安全策だとは思うのですが…。

よろしくお願いします。