EPS画像の透明部分について

イラストレータでEPS画像を配置して保存する際に、『画像に透明部分を含むので、画像を埋め込んでください』というような警告がでます。普通にスキャンしてフォトショでEPS保存をした画像です。肉眼では透明部分のない画像なのですが、なぜか警告が毎回どんなEPS画像でも出てしまいます。透明部分というのはどういった事を指すのでしょうか？ちなみに透過するツール等も一切使っていません。