Finderが反応しなくなります

駆け込み寺には、たびたびお世話になっております。本当にいろいろ勉強させていただいています。

4月の末に、PowerMacG5 2.0GHzを購入しました。OSはMacOS10.3.8です。
仕事の関係やらで、しばらくは電源も入れない状態が続いたのですが、5月末頃からぼちぼち使いはじめました。

ある時、起動すると、右上に時計を表示させる設定にしてあるのですが、一向に表示されず、その部分にカーソルをあわせると、OS9でいうところの時計が回り続ける状態になります。
また、システム環境設定などは起動できず、アップルメニューにあるメニュー（システム終了や再起動など）も、全く反応しません。（電源は本体前面の電源ボタンを長押しして強引に落としています）
後からインストールをしている、AdobeのソフトやIEなどは通常通り使えます。

初めて起きた時は、上書きインストールをして、症状がなくなったので、そのまま数回使いましたが、後日同じ反応が。
その後、一度初期化して再度インストールし、しばらく（半月程度）は問題なかったのですが、また同じ現象が出てきました。

同じ様な現象にあわれた方がいましたら、解決策などを教えていだたけないでしょうか？
一応、購入したメーカーを通して修理に出す予定ではいるのですが、何か自分の使い方などに問題があるのか？と心配しています。（取り立てて変なことはしてないつもりなんですけれど…）
OS以外にインストールしたソフトは、AdobeCSとMSOfficeのみです。フォントはモリサワとフォントワークス、ダイナフォントです。欧文書体は付属のものを使用しています。
よろしくお願いします。