» 001
普通、DTPで使う場合、
書類は「CMYKモード」で作りますので、
（Illustrator 9以降では、書類制作時にカラーモードを強制的に選択する仕様になっているため。まさかRGBモードは選ばないでしょ？）
チェックを入れる意味はないんじゃないかな。

RGBで作ったとき、そこにチェックを入れておくと
Illustratorが勝手にCMYKに変換したものを
EPS中に含めてくれるわけ。
但し、どんな色で出るかは出てみないと判らない。
Illustrator 8など、RGBオブジェクトとCMYKオブジェクトを
「混在できる」バージョンの場合、
このチェックにはそれなりの意味があったでしょうが、
9以降では混在は出来ないのだから、
チェックする意味はない、というのが私の理解です。

ちなみに、CS4のヘルプでは、

RGB出力をサポートしていないアプリケーションでRGBカラードキュメントをプリントできます

とあります。
なんともまわりくどい記述ですね。

» 002
ちなみに、リンク配置されているEPSファイルがRGBだった
場合、
チェックしてもしなくてもRGBのままで変化はありません。

» 003
よくわかりました。

「CMYK PostScript をRGB ファイルに含む」は、わかりにくいですよね。
「RGB ファイルをCMYK PostScript に変換する」ですよね。
日本語に直訳すると「CMYK PostScript をRGB ファイルに含む」になるのですかねぇ？

ありがとうございました。